O clima da Jordânia é moldado pelo seu relevo espetacular: um clima mediterrânico nas terras altas ocidentais, um clima quente de planície no vale do Jordão e na zona do Mar Morto, e um clima desértico árido na Badia oriental e meridional. A chuva chega principalmente entre novembro e março, e a quantidade varia fortemente, de mais de 500 milímetros por ano nas terras altas do norte a menos de 50 milímetros no deserto oriental.
As terras altas, onde ficam Amã e a maioria das cidades, gozam de invernos amenos e relativamente húmidos, com neve ocasional, e verões quentes e secos. O vale do Jordão e a margem do Mar Morto são muito mais quentes: invernos muito amenos, verões extremamente quentes e as altitudes mais baixas da Terra. O deserto oriental é seco e soalheiro, com fortes amplitudes térmicas entre o dia e a noite.
Aqaba, no Mar Vermelho, tem um clima quente e soalheiro quase todo o ano, o que a torna um refúgio de inverno. No geral, a primavera (março a maio) e o outono (setembro a novembro) são as estações mais confortáveis do país, enquanto julho e agosto são muito quentes nas planícies e no deserto, e dezembro a fevereiro pode ser frio e ocasionalmente nevado em Amã e nas terras altas do norte.